Суд над праведником
Однак недарма народна мудрість з гіркотою говорить, що жодна добра справа не залишається безкарним. Поступово згустилися хмари і над головою святителя. Причиною цього став гнів імператорського двору, який він накликав на себе, викриваючи панувала у ньому розбещеність вдач. Особливу ж ненависть призводила до нього імператриці Євдоксії, не раз ставала об’єктом його критики.
Щоб покарати дерзостного єпископа, спішно скликали трибунал, що складався з тих церковних ієрархів, які найбільше обурювалися жорсткою дисципліною, встановленою ним серед вищого духовенства. Суд був швидким і неправим. Іоанна Златоуста засудили до зміщення з посади і за образу царюючих осіб — до смертної кари, яка, на щастя, була замінена вічної посиланням.
Заступництво римського понтифіка
З документів, що збереглися до наших днів, відомо, що, бажаючи відновити справедливість і уникнути несправедливого покарання, святитель Іоанн направив лист Папі Римському. В ті часи ще не відбувся остаточний розкол християнської церкви на католицьку і православну, тому в особі понтифіка він сподівався знайти підтримку.
Папа Римський не залишив його прохання без уваги і послав у Константинополь своїх легатів (представників). Однак імператриця Євдоксії спочатку посадила їх у в’язницю, потім спробувала підкупити, а не домігшись успіху (не завжди і не всі брали хабарі), постановила депортувати з країни. В результаті святитель Іоанн Богослов був змушений відправитися у вигнання.
Священне Переказ розповідає про двох ознаки Божих, пов’язаних з вигнанням святого Іоанна. Першим з них стало землетрус, який обрушився на місто в найближчу ніч, після чого перелякана імператриця звеліла скасувати вирок і повернути його в столицю. Однак незабаром її переляк пройшов, і знову скликаний трибунал ухвалив попереднє рішення. На цей раз свідченням Божого гніву стала пожежа, що охопила палац і будинки вельмож.
Перебуваючи на засланні у Вірменії, яка була в ті часи віддаленою колонією Візантійського держави, святитель не переривав свої пастирських праць, проповідуючи серед місцевих жителів Слово Боже і продовжуючи роботу над богословськими творами. Не переривав він спілкування з тими ієрархами, остававшимися його прихильниками, незважаючи на всі спіткали нещастя. До наших днів збереглося 245 листів, які святої адресував єпископів Європи, Азії та Африки, а також своїм константинопольським і антіохійським друзям.