Під владою Сербії
Міжусобиці у Візантії дозволили поетапно сербським королям Стефану Милутину, Стефану Дечанскому і Стефану Душану завоювати майже всю Македонію крім великого міста Салоніки. Саме македонські землі з королівськими резиденціями в Серрах і Скоп’є стали центром посилення держави Стефана Душана, коронованого одночасно царем всіх сербів і греків. З його смертю Сербське держава розпалася, окремими частинами колись сильної держави управляли наступники сербських королів.
Османська імперія
До середини XIV ст. Македонія як частина розпадається Сербської держави знову опинилася перед загрозою завоювання, але вже турками-османами. Серби під керівництвом братів Мрнявчевичей намагалися протистояти турецькій експансії, але в 1371 р. в Марицкой битві зазнали нищівної для їх армії поразки. До 1393 р. Македонія повністю переходить під владу Османської імперії, тут поширюється іслам, християни не переслідувалися, але їх обмежували в багатьох правах. Більше чотирьох століть Македонія була під гнітом турків, як і інші балканські народи, і боролася за незалежність.
